一、审计调查准备阶段
（一）审计处根据年度审计计划、领导授权，批准立项。
（二）审计处成立审计调查组，指定项目负责人。
（三）审计调查组了解被调查单位基本情况并编制项目实施方案。
（四）向被调查单位发送审计调查通知书、问卷调查。
二、审计调查实施阶段
（一）召开宣传动员大会（视项目情况及单位情况而定）。
（二）督促被调查单位自查，填报调查表格及问卷调查。
（三）审计调查组检查、整理、汇总自查情况，确定抽查的内容、范围、样本量及抽查方式。
（四）审计调查组实施符合性测试与实质性测试，并获取审计证据。
（五）整理分类汇总审计证据，编制审计工作底稿，统计有关表格，对调查事项的具体目标形成初步结论。
（六）审计调查组复核审计工作底稿，必要时，对重大事项召开业务讨论会。对不完整、不充分、结论不恰当的证据材料及工作底稿要求补充、完善。
三、审计调查终结阶段
（一）审计调查报告初稿由审计项目负责人或由其授权的审计项目组其他人员起草。
（二）审计调查报告初稿应在审计调查项目组内讨论通过，并根据讨论结果进行必要的修改（一级复核）。
（三）审计调查组就经审核的审计调查报告征求相关部门意见或召开座谈会听取意见。
（四）审计调查组对相关部门的意见进行研究和核实，必要时召开业务讨论会修改。
（五）审计调查报告经过修改后，报审计项目负责人或处分管领导等进行二级复核。
（六）审计处负责人进行三级复核。
（七）审计调查报告呈主管院领导审阅签发，可召开调查结果通报大会，送达被调查单位或相关单位。
（八）被审计调查单位在收到调查报告之日起30日内，书面反馈整改落实情况。视情况公告结果。
（九）审计组根据需要组织后续审计，检查审计意见和建议的落实情况及效果。
（十）项目负责人或确定的材料归档责任人整理审计调查项目资料。
（十一）根据质量控制要求立卷，装订，送交档案管理部门。